بخش میکروبی این آزمایشگاه از چهار قسمت جداگانه کشت، انکوباسیون، استریلیزاسیون و محیط‌سازی تشکیل شده است و انواع آزمون‌های میکروب‌شناسی نظیر: شناسایی کپک‌ها، مخمرها، سودوموناس، اسیددوست، آنتروکوکوس، کلستریدیوم‌های احیاکننده سولفیت و پرفرنجنس، باسیلوس سرئوس، استافیلوکوکوس اورئوس، سالمونلا، اشریشیاکلی، آنتروباکتریاسه، کلی‌فرم، شمارش کلی میکروارگانیسم‌ها، مخمرهای اسموفیلیک، بیفیدیوباکتریوم، اسپورباکتری عامل فساد بدون گاز، باکتری های اسید لاکتیک، لاکتو باسیلوس اسیدوفیلوس، بروسلا، کمپیلوباکتر ژوژنی، لیستریا مونو سایتوژنز، یرسینیا انترکولیتیکا و ... در انواع مواد اولیه و فراورده‌های خوراکی، آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی در این بخش انجام میپذیرد.
از جمله تجهیزات موجود در این بخش می‌توان به اتوآنالایزر میکروبی (باکتراکت)، دستگاه بی‌هوازی کننده، انکوباتور یخچال‌دار، میکروسکوپ مانیتوردار، هود میکروبی لامینار و ... اشاره کرد.
